Este instituto, originalmente denominado “Instituto de Geodesia”, fue creado el 19 de diciembre de 1951 en la entonces Facultad de Ciencias Exactas Físicas y Naturales (resolución Nº 749 del 19 de diciembre de 1951) y pasó a formar parte de la Facultad de Ingeniería por resolución del Consejo Universitario Nº 1357 del 3 de junio de 1953. Esto significa más de medio siglo de actividad ininterrumpida.
Se realizaron 41 campañas geodésicas en la zona cordillerana de la provincia de Mendoza con docentes, alumnos y alumnas, incluyendo la medición de gravedad en la cumbre del Cerro Aconcagua, el punto más alto del mundo en el que se midió gravedad hasta fines del siglo XX. También se llevaron a cabo campañas para la vinculación de ceros mareográficos y la determinación del borde entre las cortezas continental y oceánica en el Mar Argentino mediante métodos geofísicos. Se estudiaron los efectos de tormentas magnéticas sobre el gasoducto NEUBA II en Goyena, provincia de Buenos Aires, y sobre el gasoducto San Martín en Tierra del Fuego. Uno de los proyectos más relevantes fue el convenio con la Cancillería Argentina y la participación en tres proyectos PNUD, entre 2003 y 2016, para la recopilación y procesamiento de información geofísica, la preparación de la presentación y la defensa ante Naciones Unidas sobre la extensión de la Plataforma Continental Argentina, incorporando 1.782.500 km² más allá de las 200 millas marinas. Los directores y directoras a lo largo de su historia fueron los profesores eméritos Ing. Eduardo Baglietto e Ing. Ángel Cerrato, el Agrim. Jorge Luis Mazzeo, la Dra. Virginia Mabel Silbergleit (vicedirectora), el Dr. Ing. Ezequiel Pallejá y la Dra. Patricia Larocca.
El 1 de agosto de 2006, el Consejo Directivo de la Facultad de Ingeniería resolvió denominar al Instituto de Geodesia como Instituto de Geodesia y Geofísica Aplicadas.